Facteurs génétiques de l’hôte et génotypage du virus de l’hépatite B (VHB) et de la COVID-19 en Mauritanie
Contexte scientifique
Les maladies infectieuses virales, qu’elles soient chroniques comme l’infection par le virus de l’hépatite B (VHB) ou émergentes comme la COVID-19 causée par le SARS-CoV-2, constituent un enjeu majeur de santé publique à l’échelle mondiale. Leur évolution clinique est extrêmement variable, allant de formes asymptomatiques à des formes sévères, voire mortelles. Cette variabilité est largement influencée par une interaction complexe entre la diversité génétique de l’hôte, les mécanismes immunitaires et la variabilité génétique des virus.
Dans le cas du VHB, la persistance de l’infection, l’évolution vers la chronicité et les complications hépatiques (cirrhose, carcinome hépatocellulaire) sont fortement modulées par des facteurs génétiques de l’hôte, notamment des polymorphismes affectant les gènes des cytokines, des récepteurs immunitaires et du système HLA. De même, pour la COVID-19, plusieurs études ont montré que des variants génétiques de l’hôte influencent la susceptibilité à l’infection, la sévérité de la maladie et la réponse immunitaire.
Par ailleurs, la diversité génétique des virus eux-mêmes, à travers l’existence de différents génotypes et variants, joue un rôle déterminant dans la transmissibilité, la virulence et la réponse aux traitements. En Mauritanie, les données moléculaires intégrant à la fois la génétique de l’hôte et le génotypage viral restent limitées, justifiant le développement de recherches ciblées dans ce domaine.
Objectifs scientifiques
Cet axe de recherche vise à analyser de manière intégrée les déterminants génétiques de l’hôte et la variabilité virale afin de mieux comprendre la dynamique des infections par le VHB et le SARS-CoV-2. Les objectifs spécifiques sont de :
Identifier les polymorphismes génétiques de l’hôte associés à la susceptibilité à l’infection par le VHB et le SARS-CoV-2.
Étudier l’influence de ces polymorphismes sur l’évolution clinique, la chronicité, la sévérité de la maladie et la réponse immunitaire.
Réaliser le génotypage du VHB afin de déterminer la distribution des génotypes et sous-génotypes circulants en Mauritanie.
Identifier et caractériser les variants génétiques du SARS-CoV-2, en suivant leur évolution temporelle et leur diffusion.
Analyser les interactions entre génotypes viraux et facteurs génétiques de l’hôte.
Approches méthodologiques
Les travaux reposent sur une combinaison de techniques de biologie moléculaire, de génomique virale et d’analyses bioinformatiques :
Extraction de l’ADN ou de l’ARN viral et de l’ADN génomique de l’hôte à partir d’échantillons biologiques.
Amplification des régions cibles par PCR ou RT-PCR.
Séquençage Sanger ou séquençage à haut débit (NGS) pour la caractérisation des génotypes viraux et des polymorphismes de l’hôte.
Analyses phylogénétiques pour étudier les relations évolutives entre souches virales et retracer les chaînes de transmission.
Analyses bioinformatiques et statistiques pour l’étude des associations entre facteurs génétiques, génotypes viraux et paramètres cliniques.
Impact scientifique et sanitaire
Amélioration de la compréhension des mécanismes génétiques impliqués dans la susceptibilité et l’évolution des infections virales.
Renforcement du diagnostic moléculaire et de la surveillance épidémiologique des infections par le VHB et le SARS-CoV-2.
Contribution à l’optimisation des stratégies de prévention, de dépistage et de prise en charge thérapeutique.
Appui à la prise de décision en santé publique grâce à des données moléculaires locales.
Renforcement des capacités nationales en virologie moléculaire et en recherche translationnelle.
